应先作直肠指诊，然后右手持肛门镜并用拇指顶住芯子，肛门镜应先涂上润滑剂，用左手拇指、食指将右臀拉开，显示肛门口，用肛门镜头部按摩肛缘，使括约肌放松；再朝脐方向缓慢插入，当通过肛管后改向骶凹进入直肠壶腹部。
将芯子取出，取出后要注意芯子上有无血渍及血渍的性质，若直肠内有分泌物，可用镊子钳上棉花球擦净，然后再详细检查；查看粘膜颜色，注意有无溃疡、息肉、肿瘤及异物，再将肛门镜缓缓地向外抽出，在齿线处注意内痔、肛乳头、肛隐窝或肛瘘内口等。
检查方法：医生戴上手套，或食指戴上指套，指套上徐润滑油，然后将食指慢慢地伸进患儿的肛门内检测疾病。
优缺点： 这类检查方法仅凭医生的感觉及经验来判断病症，不能清晰、、直观的了解病情，不能清晰地观察到病灶部位，容易造成漏诊、误诊等问题。
肛镜构造
电子肛镜由镜端、镜塞、镜柄、电源开关、镜体组成。 其特殊之处是：镜体壁内设置有电源线，镜体前后端有电源触点，镜端上端有光源板触点，镜端内装光源板，镜端装在镜体前端，镜体一侧开有镜孔，镜柄内装的电池和电源开关与镜体的电源触点接触，镜塞通过镜体口装入镜体内，本实用新型的有益。
效果是：镜体侧面的镜孔能制约组织堆积充盈镜孔，避免干扰，利于查找病灶，提高一次，利于暴露术后残留并经镜体侧面的镜孔容易清除，利于暴露未脱内扎线并经镜体侧面的镜孔容易拆除，利于乳头状瘤、痔、裂等治疗。
肛镜特点
智能检查：数字彩屏显示，图像可冻结、储存、再现、治疗前后对比，彩色打印结果，及病历管理，查询等。
